Mikroskops ir viens no lielākajiem cilvēces izgudrojumiem. Pirms tās izgudrošanas cilvēku idejas par apkārtējo pasauli aprobežojās ar neapbruņotu aci vai lēcu turēšanu, lai palīdzētu redzēt ar neapbruņotu aci.
Mikroskopi ir pavēruši pilnīgi jaunu pasauli cilvēka redzēšanā, pirmo reizi redzot simtiem "jaunu" sīku dzīvnieku un augu iekšējo darbību, sākot no cilvēku ķermeņiem un beidzot ar augu šķiedrām. Mikroskopija arī palīdz zinātniekiem atklāt jaunas sugas un palīdz ārstiem ārstēt slimības.
Pirmie mikroskopi tika izgatavoti Nīderlandē 16. gadsimta beigās. Izgudrotāji bija nīderlandiešu optiķis Jass Jensens vai cits holandiešu zinātnieks Hanss Lipšs, kurš izgatavoja vienkāršus mikroskopus ar divām lēcām, bet nekādus svarīgus novērojumus ar šiem instrumentiem neveica.
Divi cilvēki vēlāk sāka izmantot mikroskopus zinātnē. Pirmais bija itāļu zinātnieks Galileo Galilejs. Viņš pirmo reizi aprakstīja kukaini caur mikroskopu pēc tā saliktajām acīm. Otrais bija holandiešu veļas tirgotājs Lēvenhuks (1632-1723), kurš pats iemācījās asināt lēcas. Pirmo reizi viņš aprakstīja daudzus sīkus augus un dzīvniekus, kas nav redzami ar neapbruņotu aci.
1931. gadā Ernsts Ruska radīja revolūciju bioloģijā, izstrādājot elektronu mikroskopu. Tas ļauj zinātniekiem novērot objektus, kas ir pat milimetra miljondaļas. 1986. gadā viņam tika piešķirta Nobela prēmija.