Ir vairāki mikroskopu veidi:
1. Gaismas mikroskops (optiskais mikroskops): šis ir visizplatītākais mikroskopa veids, kas objektu palielināšanai izmanto redzamo gaismu. Tam ir dažādi modeļi, tostarp saliktie mikroskopi, stereomikroskopi un digitālie mikroskopi.
2. Elektronu mikroskops. Lai izveidotu palielinātu attēlu, šajos mikroskopos gaismas vietā tiek izmantots elektronu stars. Ir divi galvenie veidi: transmisijas elektronu mikroskops (TEM) un skenējošais elektronu mikroskops (SEM).
3. Fluorescences mikroskops: šāda veida mikroskopā tiek izmantota fluorescence, lai vizualizētu noteiktas parauga daļas. To parasti izmanto bioloģijā un medicīniskajos pētījumos.
4. Konfokālais mikroskops: šis mikroskops izmanto lāzerskenēšanu, lai izveidotu ļoti detalizētus attēlus. To parasti izmanto bioloģiskajos pētījumos un medicīniskajā attēlveidošanā.
5. Fāzes kontrasta mikroskops: šis mikroskops uzlabo caurspīdīgu un nekrāsotu paraugu kontrastu, padarot tos redzamus un vieglāk pētāmus.
6. Polarizējošais mikroskops: šo mikroskopu izmanto, lai pētītu kristālu un citu materiālu optiskās īpašības, polarizējot gaismu.
7. Digitālais mikroskops: šāda veida mikroskops uzņem parauga digitālos attēlus un video, kas ļauj vieglāk koplietot un analizēt.
8. Skenējošās zondes mikroskops. Šāda veida mikroskops var pārbaudīt virsmas, skenējot zondi virs parauga. Tajā ietilpst atomu spēka mikroskopi (AFM) un skenējošie tunelēšanas mikroskopi (STM).
Šie ir tikai daži piemēri no dažāda veida pieejamiem mikroskopiem. Katram veidam ir savi specifiski pielietojumi un priekšrocības atkarībā no izpētes jomas un novērojamā parauga rakstura.